过去，超进化铁道开发机构（ERDA）为了对抗突然出现的身份不明的敌人“UNKNOW”，开发了能够变形为机器人的新干线“SHINKALION”，以备不时之需。“成为能够守护他人的帅气存在……我……”初二的中学生大成大势为了寻找两年前失踪的姐姐，转学到了进开学园中等部。就在此时，十年不见的“UNKNOW”再次出现。偶然间，大势被发现了作为“SHINKALION”驾驶员的潜质，被迫做出战斗的决定.“UNKNOW”的真实身份及目的究竟是什么……战斗最后的真相又是……少年们的决意与成长的故事，正要开始——